También llamado Jakarta Tomcat o sólo Tomcat, funciona como contenedor de servlets; implementando las especificaciones de los servlets y de JavaServer Pages.

Tomcat, una aplicación disponible en el Marketplace de Facilcloud,es un servidor de aplicaciones, que incluye el compilador Jasper, compila JSPs convirtiéndolas en servlets; también puede funcionar como servidor web autónomo en entornos con alto nivel de tráfico y alta disponibilidad.

Por su parte, GlassFish también disponible en Facilcloud, es un servidor de aplicaciones de software libre, que implementa las tecnologías definidas en la plataforma Java EE y permite ejecutar aplicaciones que siguen esta especificación. Es gratuito, de código libre y se distribuye bajo un licenciamiento dual a través de la licencia CDDL y la GNU GPL.

Glassfish permite subdividir el servidor de aplicaciones en dominios que sirven para agrupar aplicaciones que pueden compartirse: librerías, logs, configuraciones.

GlassFish tiene como base al servidor Sun Java System Application Server de Oracle Corporation, un derivado de Apache Tomcat, que utiliza un componente adicional llamado Grizzly que usa Java NIO para escalabilidad y velocidad.

Glassfish además de ser un servidor de aplicaciones, es una comunidad de usuarios, que lo descargan y utilizan libremente; también existen partners que contribuyen agregándole más características importantes a Glassfish.

Entre uno y otro 

• Por un lado, GlassFish es un servidor de aplicaciones Java que implementa correctamente la especificación J2EE; a diferencia de Tomcat que simplemente es un contenedor web de Servlets.
• Asimismo, GlassFish es la implementaciónde referencia de J2EE y por lo tanto soporta: Enterprise Java Beans; JPA –Java Persistence API; Java Server Faces: JMS; RMI; Java Server Pages y Servlets; Grizzly; soporte de Clustering usando balanceo de carga; soporte de lenguajes script: Php, javascript, python, ruby, entre otros; reconfiguración dinámica de servidores virtuales; soporte Comet / Ajax Push mejorado.
• En Tomcat se pueden implantar todos los módulos anteriores, pero es responsabilidad del desarrollador descargar e implantar en el servidor los componentes, así como también garantizar su interoperabilidad.
• Tomcat posee más tiempo en el campo y es un contenedor web con soporte de servlets y JSP; es más ligero, tiene menos complejidad y uso de recursos asi como de modularidad; pero no «pre integrado» como GlassFish, lo cual no quiere decir que no se pueda agregar componentes externos, queda a criterio del desarrollador.